Le chlorothalonil est interdit en Suisse depuis 2020. Pourtant, six ans plus tard, ses produits de dégradation sont toujours présents dans les eaux souterraines. Les dernières données nationales montrent notamment que l'un de ses métabolites dépasse 0,1 µg/L dans plus d'une station de mesure sur quatre en Suisse.
Le chlorothalonil, c'est quoi ?
Le chlorothalonil est un fongicide utilisé pendant plusieurs décennies dans l'agriculture suisse pour protéger différentes cultures contre certaines maladies provoquées par des champignons.
Son utilisation est interdite en Suisse depuis 2020. Mais retirer un produit du marché ne signifie pas que ses traces disparaissent immédiatement de l'environnement.
Lorsque le chlorothalonil se dégrade dans les sols, il forme plusieurs nouvelles molécules appelées métabolites. Certaines sont très persistantes et peuvent progressivement atteindre les eaux souterraines.
Pourquoi c'est important en Suisse ?
Environ 80 % de l'eau potable suisse provient des eaux souterraines. Lorsqu'une substance persistante atteint une nappe phréatique, elle peut donc rester mesurable pendant de nombreuses années dans une ressource utilisée pour produire de l'eau potable.
R471811 et R417888 : quelle différence ?
Les noms R471811 et R417888 ne correspondent pas à deux pesticides différents. Ce sont deux produits de dégradation différents du chlorothalonil.
Ils ne sont cependant pas présents dans les mêmes proportions dans les eaux souterraines suisses. Le R471811 est nettement plus répandu, tandis que le R417888 dépasse plus rarement la valeur de 0,1 µg/L.
| Métabolite | Présence sur le Plateau | À retenir |
|---|---|---|
| R471811 | Plus de 50 % des stations au-dessus de 0,1 µg/L | Le plus largement répandu des deux |
| R417888 | Environ 10 % des stations au-dessus de 0,1 µg/L | Moins fréquemment présent à forte concentration |
Ce que montrent les dernières données de l'OFEV
En février 2026, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a publié les données 2024 de l'Observation nationale des eaux souterraines NAQUA.
Au total, sept métabolites du chlorothalonil ont été mesurés à des concentrations supérieures à 0,1 µg/L dans les eaux souterraines suisses.
Les deux métabolites les plus visibles à grande échelle sont précisément le R471811 et le R417888.
Deux cartes pour comprendre la différence
Les deux cartes suivantes représentent les mêmes types de stations de mesure, mais pas la même molécule.
La première montre le R471811, largement répandu dans les régions agricoles du Plateau. La seconde montre le R417888, pour lequel les concentrations supérieures à 0,1 µg/L sont beaucoup moins fréquentes.
Faites glisser pour comparer les deux métabolites →
Comment lire les cartes ?
Les points représentent des stations de mesure des eaux souterraines. Les points rouges indiquent des concentrations supérieures à 0,1 µg/L. Les zones grisées montrent la proportion de cultures céréalières. Ces cartes ne représentent donc pas directement la qualité de l'eau à chaque robinet.
0,1 µg/L : est-ce un seuil de danger ?
C'est là que le dossier devient plus complexe.
La valeur de 0,1 µg/L s'applique aux métabolites de produits phytosanitaires considérés comme pertinents pour l'eau potable.
Mais en mars 2026, le Tribunal administratif fédéral a estimé qu'il fallait maintenir la classification de plusieurs métabolites du chlorothalonil comme non pertinents, dont précisément le R471811 et le R417888.
Selon le Tribunal, le simple fait que ces deux métabolites dépassent 0,1 µg/L ne suffit donc pas, à lui seul, à démontrer un risque sanitaire pour l'être humain ou à justifier l'interdiction du produit phytosanitaire.
Présence ne veut pas forcément dire danger
R471811 et R417888 sont bien mesurés dans les eaux souterraines, parfois à des concentrations supérieures à 0,1 µg/L. Mais les données disponibles en 2026 ne permettent pas de les présenter simplement comme un danger sanitaire établi pour l'être humain.
Alors pourquoi le chlorothalonil reste-t-il interdit ?
Parce que le dossier ne concerne pas uniquement R471811 et R417888.
Dans son arrêt du 26 mars 2026, le Tribunal administratif fédéral a confirmé que le retrait de l'autorisation d'un produit contenant du chlorothalonil était légal.
L'une des raisons principales est environnementale : les évaluations réalisées au niveau européen ont conclu que l'utilisation du chlorothalonil présentait un risque important pour les amphibiens et les poissons.
Un risque écologique clairement identifié
Le Tribunal administratif fédéral rappelle que l'évaluation européenne a identifié un risque important lié à l'utilisation du chlorothalonil pour les poissons et les amphibiens, comme les grenouilles et les tritons. Ce constat suffit déjà à justifier le retrait de l'autorisation.
Il est important de ne pas faire de raccourci : cela ne signifie pas que R471811 et R417888 eux-mêmes ont été identifiés comme responsables de ce risque écologique dans les mêmes proportions.
Le Tribunal distingue justement les différents métabolites. Le risque environnemental concerne l'utilisation du chlorothalonil et l'ensemble de son évaluation, tandis que la question de la toxicité humaine de R471811 et R417888 est traitée séparément.
D'autres métabolites du chlorothalonil considérés comme pertinents ont par ailleurs été retrouvés ponctuellement à plus de 0,1 µg/L dans les eaux souterraines. Le Tribunal a donc également confirmé le retrait du produit pour des motifs liés à la protection des eaux souterraines et de l'eau potable.
Pourquoi parle-t-on encore d'eau « non conforme » ?
La situation réglementaire reste particulière en 2026.
L'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV) maintient toujours une directive concernant les mesures à prendre lors de dépassements des valeurs maximales applicables aux métabolites du chlorothalonil dans l'eau potable. Cette directive a encore été actualisée le 21 mai 2026.
Autrement dit, le jugement du Tribunal ne fait pas disparaître automatiquement les règles appliquées aux distributeurs d'eau. Les conséquences juridiques et techniques de la décision doivent encore être intégrées par les autorités compétentes.
Le débat actuel ne porte donc pas sur l'existence des métabolites : leur présence dans les nappes est parfaitement mesurée. Il porte surtout sur la manière dont certains d'entre eux doivent être classés et réglementés.
Pourquoi ces substances sont-elles toujours présentes six ans après ?
Les eaux souterraines se renouvellent lentement. Entre le moment où une substance atteint le sol et celui où ses produits de dégradation atteignent une nappe phréatique, plusieurs années peuvent s'écouler.
Les métabolites du chlorothalonil sont également particulièrement persistants. L'OFEV estime donc qu'ils continueront d'affecter la qualité des eaux souterraines pendant encore plusieurs années.
Une tendance désormais à la baisse
Selon les dernières données de l'OFEV, les concentrations de métabolites du chlorothalonil sont désormais en diminution. L'effet de l'interdiction commence donc à apparaître, même si la pollution des nappes ne peut pas disparaître rapidement.
Le problème dépasse le seul chlorothalonil
Le chlorothalonil est particulièrement visible dans les données actuelles, mais il n'est pas le seul produit phytosanitaire dont les métabolites sont présents dans les eaux souterraines suisses.
Selon l'OFEV, 24 métabolites issus de 12 substances actives différentes dépassent actuellement la valeur de 0,1 µg/L.
Dans les zones de grandes cultures, les métabolites du chlorothalonil dépassent 0,1 µg/L dans environ 70 % des stations de mesure.
Eaux souterraines et eau du robinet : attention à la différence
Les cartes NAQUA représentent les eaux souterraines. Elles ne permettent pas de déterminer directement la qualité de l'eau qui sort du robinet d'une habitation.
Un distributeur peut exploiter plusieurs captages, mélanger différentes ressources ou traiter l'eau avant sa distribution. La situation peut donc changer fortement d'une commune à l'autre.
Votre région apparaît en rouge ?
Cela ne signifie pas automatiquement que l'eau de votre robinet dépasse une valeur réglementaire. Pour connaître la situation exacte, il faut consulter les analyses publiées par votre distributeur d'eau ou par le service cantonal compétent.
Ce qu'il faut retenir
- Le chlorothalonil est interdit en Suisse depuis 2020.
- Son interdiction a été confirmée par le Tribunal administratif fédéral en mars 2026.
- R471811 et R417888 sont deux métabolites différents du chlorothalonil.
- R471811 dépasse 0,1 µg/L dans plus de 50 % des stations du Plateau et dans plus d'une station sur quatre à l'échelle nationale.
- R417888 dépasse 0,1 µg/L dans environ 10 % des stations du Plateau.
- Le Tribunal administratif fédéral considère R471811 et R417888 comme des métabolites non pertinents sur le plan toxicologique humain.
- Leur présence au-dessus de 0,1 µg/L ne permet donc pas, à elle seule, de conclure à un danger sanitaire pour l'être humain.
- L'utilisation du chlorothalonil reste néanmoins interdite, notamment en raison d'un risque important identifié pour les poissons et les amphibiens.
- D'autres métabolites du chlorothalonil considérés comme pertinents ont également été détectés dans les eaux souterraines.
- Les concentrations diminuent depuis l'interdiction, mais leur persistance signifie qu'elles resteront mesurables pendant encore plusieurs années.
Données officielles
Observation nationale des eaux souterraines NAQUA 2024
Sources : Office fédéral de l'environnement (OFEV), Observation nationale des eaux souterraines NAQUA 2024 · Tribunal administratif fédéral, arrêt B-531/2020 du 26 mars 2026 · Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV), directive 2024/1, mise à jour le 21 mai 2026.